本游戏为 NGC上首款机战作品，游戏一反常态，采用 2D 地图画面搭配 3D 战斗画面所构成，游戏将采用部位损伤系统，一般机体将区分为头部、手部、躯干与脚部 4 个部位，战舰将分为舰桥、炮门、舰体与引擎等 4个部位，每个部位的损伤独自计算，机体的武装也将分别配置于这 4 个部位之上。当各部位遭受破坏时，将会对机体产生各种负面效果，诸如移动力下降、该部位的武器无法使用等状况。
游戏中也采用了机体大小补正系统，共分为 S、M、L、LL等 4 种机体尺寸，体型大的机体攻击体型小的机体将有额外的攻击力加成。游戏并由部位损伤系统延伸出敌方机体捕捉系统，凡是将敌方的机体除了躯干部位以外的其余部位都加以破坏的话，就可以由我方的战舰进行敌方机体的捕捉，捕捉到的敌方机体将可以提供给我方驾驶员驾驶，或者是进行解体，将零件挪作他用或者变卖换取资金。
另外，BANPRESTO 将提供 2000 套 GBA FC Mini 版《第二次机器人大战》供购买本游戏并于任天堂俱乐部网站登录的玩家进行抽奖，活动时间至 2005 年 1 月底止，同时 11 月号与 12 月号的任天堂游戏专门杂志‘月刊任天堂’也将收录本游戏的影片。
